重要程序
我国《商标法》确立了注册原则和申请在先原则为基本的确权原则。按照上述原则，商标专用权需要经过注册取得。法律对商标注册规定了一套完整的程序。欲取得商标专用权的自然人、法人或者其他组织应当向商标局提交商标注册申请；商标局收到注册申请后，先对申请材料进行形式审查，符合条件的予以受理；被受理的注册申请进入实质审查程序，即由商标局审查人员对申请注册商标是否符合法律规定进行审查；实质审查认为符合法律规定的商标被初步审定并刊登《商标公告》。此后，进入商标异议期，任何人自公告之日起三个月内可以对初步审定商标提出异议。初步审定商标一旦被人提出异议，则会启动商标异议程序，由商标局根据当事人陈述的事实和理由对异议案件进行审查，作出裁定：如果异议不成立的，被异议商标予以核准注册；如果异议成立的，被异议商标不予核准注册。
实质审查
商标局对于商标注册申请进行的实质审查工作是一项将抽象的法律条款及审查准则应用于具体商标审查的实践活动。这种实践不可避免地受到以下三个方面的制约：
(1)在客观方面，审查工作的主要内容之一就是判断申请商标是否与他人在先注册或者在先申请的商标（下称在先商标）相冲突，即申请商标是否与在先商标构成了同一种或者类似商品上的相同或近似商标。这一工作在技术上主要依赖商标注册与管理自动化系统来进行。该自动化系统将所有的在先商标纳入数据库，审查员通过运行审查程序来检索该数据库，将申请商标与符合条件的在先商标进行比较，作出判断。
但这种方式存在两点缺陷：第一，数据库记录的信息可能存在差错。因为建立数据库是通过人工劳动完成的，该数据库记录了数百万条的商标信息，存在差错在所难免。第二，审查程序本身不可能检索出所有的相同或近似商标。商标相同或近似的情况极其复杂，尽管审查程序的设计尽可能全面地考虑了商标相同或近似的类型，但显然无法穷尽。例如，对于字形相近的文字商标，现有的审查程序很难检索出来。
(2)在主观方面，由于审查员在专业范围、知识面及工作经验等方面存在着个体差异，审查工作必然会受到主观方面的因素影响。针对相同类型的个案，不同的审查员可能得出截然相反的判断结果。
(3)商标局实质审查工作只根据商标注册申请人提供的材料来进行，一般只能就申请商标是否违反禁用条款、是否与在先商标相冲突作出判断。至于那些申请注册商标损害除在先商标权而外的其他在先权利以及以不正当手段抢先申请注册他人已经使用并有一定影响的商标等问题，难以通过实质审查工作来解决。
因此商标局的实质审查工作无法保证所有初步审定的商标都完全符合法律要求。换言之，确实有部分被初步审定并公告的商标是存在瑕疵的。通过商标异议程序就可以对被异议商标作进一步的审查，甄别出不符合法律规定的商标，不予注册。因此，商标异议是商标局实质审查工作的有效补充。
透明度
通过商标异议程序，社会公众（包括自然人、法人或者其他组织）可以对商标局的审查工作发表意见和建议，从而对商标局工作形成有效社会监督。
合法权益
商标局的实质审查工作，难以甄别出申请注册商标损害他人除商标权而外的其他在先权利和以不正当手段抢先申请注册他人使用在先并具有一定知名度商标等情形。同时，对于法律的理解与适用以及审查准则的实施存在仁者见仁、智者见智的状况，在先商标权人也可能认为初步审定的商标侵犯了其权利。通过异议程序，在先权利人以及在先商标使用人可以陈述自己反对被异议商标获准注册的事实与理由，阻止存在瑕疵的商标被核准注册，来维护自己的合法权益。另一方面，法律也赋予了被异议人进行答辩的权利，被异议人通过答辩也可以针对异议理由进行反驳并提供相应的证据材料，尽可能让自己申请的商标获准注册。
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